大家好，我終於等到一大批的演化資源侵入的一天了。
為了慶祝Darwin 200歲，我今年要讀達爾文。
志同道合之士歡迎加入，我這個讀書會相當隨意
沒有導讀沒有老師，但是有的是材料有的是熱情
材料：http://www.nature.com/news/specials/darwin/index.html
方法：每三天指定一篇文章閱讀，約在我家、陽明人社院或者台大心理所喝咖啡泡茶討論
結束後想寫得就請寫心得，不想寫得至少來了要付咖啡錢。
我家在石牌站，有光線不是非常亮的客廳和沙發！
時間：每三天晚上一個小時，時間大約定在晚上八點
第一次開始時間：下週四晚上（1/15）
召募對象：隨意，有興趣就來
主持人：意識研究中心+台大心理所邱千蕙
聯絡辦法：寄email給我吧 chiu.chienhui@gmail.com
Saturday, January 10, 2009
拉一拉，就變成你要的樣子了
*我換了新的blog來寫學術的東西：http://philobio.wordpress.com/*
今天看了這一系列研究方向的新進展。
你相信細胞會因為你怎麼「拉扯他」而發育成不同的細胞嗎？
2003年，Farge發現把果蠅的胚胎輕輕的用玻璃壓住，結果一個叫做twist的基因就這樣被啟動。Farge進一步發現，胚胎在扭曲形變的過程中，組織的壓迫會使得這個基因在腸子表現。
是基因啟動形狀還是形狀啟動基因?
我很喜歡的一本書是On Growth and Form, 挑戰「內在元素」決定生命型態的論點。然而作者是相當極端的外在論派，因此在基因發現之前寫的主張，就像Gibbens的極端心智外在論在認知神經科學發展的現在，被現視為舊時代的思想。
但是有了這樣的學說的洗禮，才有可能跳脫現金完全內在論的生命與心智世界。
Farge的研究推翻了型態完全由基因決定的說法，找到證據說明型態是如何啟動基因，兩者間是互相共同發展的，沒有誰先誰後。
"The genome must be aware at key stages of the shape it is in charge of developing." says Farge.
Farge認為這是tissue compression的基因與twist gene的控制基因（兩者會在不同的肌肉群中表現，因此原本不會有任何關係的）之間的間接互動方式，然而雖然Farge找到的互動例子是兩個基因所決定的性狀，事實上應該還要有非基因決定的物理條件會影響細胞的發展型態。
Ingber發現，細胞會對「物理的拉扯力」起反應而發展出不同的性狀。
"[Ingber's] findings are remarkable.Pull a stem cell in one way and it starts developing as a brain cell, stretch it in another, and a bone cell is its more likely fate. Change the mechanical stresses on cancer cells and they can start to behave more like healthy ones. "
我臉拉對方向就會變成美女嗎（>////<)？物理力的作用就在此呈現。然而...
物理力是透過什麼樣的機制去影響基因的？
Cytoskeleton是一個答案。
現在已經知道，cytoskeleton的組織會偵測細胞處在的extracellular matrix性質，這包括「堅硬的」、「有彈性的」、「充滿張力」或者「受傷」。根據這些不同的性質，幹細胞可以在沒有growth factor的情況下分化成不同的組織細胞。
"on a relatively soft base that resembled the sponginess of brain tissue, stem cells began to form the precursors of neurons; on stiffer, muscle like substrates the cell took steps toward froming muscle stem cells..."
而cytoskeleton本身是如何因應環境性質，面對不同物理環境所展現出來的張力、伸縮等結構力學改變，正是現在生物學正逐漸熱門的領域。
與2005年的連結...
2005年，我在生科系報告了一篇cell 經典文章:
Streuli CH, Bailey N and Bissell MJ (1991). Control of mammary epithelial differentiation: Basement membrane induces tissue-specific gene expression in the absence of cell-cell interaction and morphological polarity.
關於這篇我有在另一個文章裡談過。
有趣的是關於今天這個發現的連結。
"Mammary cells grown in soft gels organized themselves into structures characteristic of normal breat tissue, whereas cells grown in stilff 'cancerous' gels did not. "
Weaver與Bissell的差異是Bissell發現失去某些化學分子的extracellular matrix會導致細胞癌化與否，而那些化學分子反應的是細胞與細胞之間的互動關係使否正常。但是Weaver不一樣。他們改變的是gell本身的物理性質。
"They found that the stiff gels pulled more on the membraine-spanning integrins, and this boosted the activity of an integrin-conotrolled signalling pathway that regulates tension in the cytoskeleton."
酷吧。
醒醒吧molecular biologists...
"Then, as now, most cell biologists had little time for architecture and engineering. When they want to understand why a cell behaves the way that it does, they try to identify the genes, proteins and signalling molecules that are thought to exert control."
許多細胞學家不屑數學與物理對於生物學會有的幫助，只相信基因、蛋白質等分子控制細胞的能力。
Wilhelm His (1888) "to think that heredity will build organic beings without mechanical means is a piece of unscientific mysticism. Astronauts' bones get thinner when they escape gravity. Hefting weights inflicts physical damage on muscle cells that stimulates them to grow. But it was widely felt that the role of mechanical stress would be limited to these and other cell types that needed it in order to function normally."
Wilhelm在1888年就道破（雖然比on growth and form晚）這個迷思，現在這個領域已經火熱的在nature上討論著，台灣的科學家心態改變了嗎？
References:
Stretching the Imagination, Nature News Feature, 456, Dec. 2008
On Growth and Form by D'Arcy Wentworth Thompson
Nature上有一系列的文章都在玩這概念，就附在這邊等我有空再讀囉。
Powell, K. Stem-cell niches: It's the ecology, stupid! Nature 435 (2005)
今天看了這一系列研究方向的新進展。
你相信細胞會因為你怎麼「拉扯他」而發育成不同的細胞嗎？
2003年，Farge發現把果蠅的胚胎輕輕的用玻璃壓住，結果一個叫做twist的基因就這樣被啟動。Farge進一步發現，胚胎在扭曲形變的過程中，組織的壓迫會使得這個基因在腸子表現。
是基因啟動形狀還是形狀啟動基因?
我很喜歡的一本書是On Growth and Form, 挑戰「內在元素」決定生命型態的論點。然而作者是相當極端的外在論派，因此在基因發現之前寫的主張，就像Gibbens的極端心智外在論在認知神經科學發展的現在，被現視為舊時代的思想。
但是有了這樣的學說的洗禮，才有可能跳脫現金完全內在論的生命與心智世界。
Farge的研究推翻了型態完全由基因決定的說法，找到證據說明型態是如何啟動基因，兩者間是互相共同發展的，沒有誰先誰後。
"The genome must be aware at key stages of the shape it is in charge of developing." says Farge.
Farge認為這是tissue compression的基因與twist gene的控制基因（兩者會在不同的肌肉群中表現，因此原本不會有任何關係的）之間的間接互動方式，然而雖然Farge找到的互動例子是兩個基因所決定的性狀，事實上應該還要有非基因決定的物理條件會影響細胞的發展型態。
Ingber發現，細胞會對「物理的拉扯力」起反應而發展出不同的性狀。
"[Ingber's] findings are remarkable.Pull a stem cell in one way and it starts developing as a brain cell, stretch it in another, and a bone cell is its more likely fate. Change the mechanical stresses on cancer cells and they can start to behave more like healthy ones. "
我臉拉對方向就會變成美女嗎（>////<)？物理力的作用就在此呈現。然而...
物理力是透過什麼樣的機制去影響基因的？
Cytoskeleton是一個答案。
現在已經知道，cytoskeleton的組織會偵測細胞處在的extracellular matrix性質，這包括「堅硬的」、「有彈性的」、「充滿張力」或者「受傷」。根據這些不同的性質，幹細胞可以在沒有growth factor的情況下分化成不同的組織細胞。
"on a relatively soft base that resembled the sponginess of brain tissue, stem cells began to form the precursors of neurons; on stiffer, muscle like substrates the cell took steps toward froming muscle stem cells..."
而cytoskeleton本身是如何因應環境性質，面對不同物理環境所展現出來的張力、伸縮等結構力學改變，正是現在生物學正逐漸熱門的領域。
與2005年的連結...
2005年，我在生科系報告了一篇cell 經典文章:
Streuli CH, Bailey N and Bissell MJ (1991). Control of mammary epithelial differentiation: Basement membrane induces tissue-specific gene expression in the absence of cell-cell interaction and morphological polarity.
關於這篇我有在另一個文章裡談過。
有趣的是關於今天這個發現的連結。
"Mammary cells grown in soft gels organized themselves into structures characteristic of normal breat tissue, whereas cells grown in stilff 'cancerous' gels did not. "
Weaver與Bissell的差異是Bissell發現失去某些化學分子的extracellular matrix會導致細胞癌化與否，而那些化學分子反應的是細胞與細胞之間的互動關係使否正常。但是Weaver不一樣。他們改變的是gell本身的物理性質。
"They found that the stiff gels pulled more on the membraine-spanning integrins, and this boosted the activity of an integrin-conotrolled signalling pathway that regulates tension in the cytoskeleton."
酷吧。
醒醒吧molecular biologists...
"Then, as now, most cell biologists had little time for architecture and engineering. When they want to understand why a cell behaves the way that it does, they try to identify the genes, proteins and signalling molecules that are thought to exert control."
許多細胞學家不屑數學與物理對於生物學會有的幫助，只相信基因、蛋白質等分子控制細胞的能力。
Wilhelm His (1888) "to think that heredity will build organic beings without mechanical means is a piece of unscientific mysticism. Astronauts' bones get thinner when they escape gravity. Hefting weights inflicts physical damage on muscle cells that stimulates them to grow. But it was widely felt that the role of mechanical stress would be limited to these and other cell types that needed it in order to function normally."
Wilhelm在1888年就道破（雖然比on growth and form晚）這個迷思，現在這個領域已經火熱的在nature上討論著，台灣的科學家心態改變了嗎？
References:
Stretching the Imagination, Nature News Feature, 456, Dec. 2008
On Growth and Form by D'Arcy Wentworth Thompson
Nature上有一系列的文章都在玩這概念，就附在這邊等我有空再讀囉。
Abbott, A. Cell culture: Biology's new dimension,Nature 424 (2003)
Powell, K. Stem-cell niches: It's the ecology, stupid! Nature 435 (2005)
Wednesday, January 07, 2009
Dream school interaction part II!!
左到右：Owen, Ovid, Patricia, and Neil
自我感受：問了一個好問題，跟owen依舊保持好互動，但是問了Neil一個很爛的問題。
CRG參與者：
and me!我困惑的點在於，其他人咧？！
喂喂...
就算這不是在講意識，就算他不是在講知識論，就算他不是在講心哲，就算他不是在講邏輯
喂喂...
就算這不是在講意識，就算他不是在講知識論，就算他不是在講心哲，就算他不是在講邏輯
好歹也是台灣少有的有「好哲學家」存在的討論空間吧？錯過這個機會就...很難有下次囉？
昨天下午有課嗎？沒有啊。
昨天下午有報告嗎？沒有啊。
那你們在哪裡啊？！
有些人可能口渴什麼水都能喝，只要能活著就好，對這種人而言，水不是生活中很重要的東西。
但是一個開發水資源的人，會像個lock住target的hound一樣不斷追尋著更好的水資源，那是因為水對他而言是重要的。
當然從上面的if-then結構，邏輯上不追著水不代表水對某人不重要，但是看到在追著水的人，就可以推論出他就是個重視水的人。
今天照片裡的人，就是注重他們的目標者。不在的人不能說沒有，我也會給benefit of doubt, 不會覺得你們就沒有求進的動機，但是我想要看到的是，鄙視也好、不屑也好，告訴我們你不想去的理由吧，說不定你真的比他們更強，不屑與他們同在，但在我們健康的討論環境下，我相當歡迎這樣的言論啊XD
另外慎重警告，每錯過一個機會，就是實力距離的拉大，也就是loser心態惡性循環的開始。
什麼是loser惡性循環？
「他們在討論什麼？我沒參加所以看都看不懂，沒關係我回去看看再過來討論」
（兩星期的忙碌後）
「其實這些東西都可以自己讀吧...沒有讀討論也沒有意思...還要不要參加啊...」
（赫然發現原本跟自己程度相當的人變強了）
「我自己讀就好了，隨便他們」
（發現跟自己程度相當的人也有人跟自己一樣）
「沒差反正XXX也差不多，也叫他不要去好了」
（會議論文除了這群人以外都被錄取了）
「他們也沒什麼了不起，這會也沒什麼了不起，走走走我們跟他們道不同不相為謀，這地方也不怎麼樣，叫學弟妹別來了」
請問這樣的思維會帶你到哪裡去？
Monday, January 05, 2009
今天下午(翹課)跟佳樺一起去聽Flanagan, Churchland and Levy兩位哲學家和一位親哲學的科學家的「與學生座談」。
我第一個要說的是，問問題是一件很爽的事情。
全場只有大約三組人問問題，一組作類神經網路的在問他們實驗的問題，再來就是佳樺還有我了（除了我們以外還有一個單獨的問題在請Churchland解釋什麼是eliminative materialism）。雖然現場有大約二十人，但是等於是我們幾個和三位強者的單獨學術討論，爽哉爽哉。
更不用說前排空了好位置給我們入座，只能說雖然在台灣資源少，但是大部份人不問問題的個性就是給我們這些充滿問題的人舞台了。
再來是，好好參加ASSC是有用的，可以拿來電人（給Levy作反例）
（其實Levy那段用imitation作為人類特殊externalization能力的例子實在是很自掘墳墓）
今天的討論主題是「neuroscience對ethics究竟有何幫助？」
這三位都是naturalization派，認為ethical normative laws and behavior有其生理基礎
但是瞭解這基礎給我們什麼樣的工具與改變？
題外話：政大的這間座談室非常的舒服、設計週到又不失專業。
陽明大學相較之下真的沒有一絲毫的文化可言。
Thursday, January 01, 2009
Happy Year 2009!
大家新年快樂！
祝大家 term paper順利完成、投稿conferences順利被接受，今年一起去香港、柏林 (& maybe Boston)參加conference！
也祝申請中的Lynn申請到很棒的學校！祝要畢業的順利畢業！^_^
祝大家 term paper順利完成、投稿conferences順利被接受，今年一起去香港、柏林 (& maybe Boston)參加conference！
也祝申請中的Lynn申請到很棒的學校！祝要畢業的順利畢業！^_^
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